Alšova jihočeská galerie byla založena v roce 1951 jako krajská galerie a do názvu dostala jméno jihočeského rodáka Mikoláše Alše. Vlastní činnost zahájila 1. 1. 1953 v Českých Budějovicích v prostorách krajského muzea. V dubnu 1956 přesídlila do nově adaptovaných prostor jízdárny zámku Hluboká (arch. F. Beer 1845–1847, přestavba arch. J. Fidra), kde sídlí podnes. V roce 1967 byla zřízena pobočka AJG v Bechyni se zaměřením na moderní českou a světovou keramiku. Sídlí v rekonstruovaných prostorách někdejšího zámeckého pivovaru. Pro výstavní účely AJG byl v roce 1993 otevřen rekonstruovaný renesanční dům v Českých Budějovicích.
Gotické umění jižních Čech. Významná sbírka sochařství a deskového malířství, zahrnující díla z jihočeského regionu a Šumavy od konce 13. století do první třetiny 16. století a čítající na 200 předmětů. Mezi nimi vynikají např. Madona z Rudolfova (před 1275), Kristus z Božího hrobu (kolem 1350), Madona se sv. Kateřinou a Markétou (deska z okruhu Mistra vyšebrodského), Adorace Páně od Mistra třeboňského, desky z Doudlebské archy (1494), řezbářské práce z počátku 16. století od Mistrů žebráckého a zvíkovského Oplakávání a jejich okruhu – Sv. Trojice českobudějovická, Marie z Kralovic, Sv. Marie Magdalena z Malého Boru či z Čakova, Světice z Homol atd.
České a evropské umění 16. až 18. století. V této sbírce vynikají především kolekce nizozemské malby (V. Sellaer, C. Massys, C. Mollenaer, W. Knijf, J. van Goyen, C. J. Delff aj.) a některá díla jiných evropských malířských škol (C. da Sesto, G. B. Tiepolo, J. Ch. Brand, N. Grund, J. J. Heintsch atd.). Rozsáhlá je kolekce barokního sochařství, především jihočeské provenience.
České umění 19. století. Soubor maleb, plastik, kreseb a grafik minulého století je menšího rozsahu vzhledem k tomu, že jeho sbírání bylo kdysi na dvě desetiletí zastaveno (L. Kohl, F. Tkadlík, B. Havránek, J. Mařák, A. Kirnig, A. Chittussi, M. Aleš, V. Brožík, M. Pirner, J. V. Myslbek a další).
České umění 20. století obsahuje téměř všechny důležité názorové okruhy s určitým důrazem na fantazijní aspekty moderní tvorby (J. Preisler, A. Slavíček, F. Bílek, B. Kubišta, J. Čapek, E. Filla, J. Štyrský, Toyen, F. Muzika, F. Janoušek, J. Bauch, Skupina RA a Skupina 42). Zastoupena je rovněž neoficiální tvorba 50. a 60. let (okruhy Konfrontací a Šmidrů), Volné seskupení 12/15 atd.
Moderní keramika. Jádro tvoří kolekce výsledků Mezinárodních sympozií keramiky v Bechyni od roku 1966. Vedle ní je soustavně zakupována a prezentována volná keramická tvorba především českých autorů (V. Šerák, M. Taberyová, J. Radová, P. Rada, A. Kroupová, L. Těhník, H. Purkrábková, B. Dobiáš st. i ml. a další).